Жители Сансборо уже привыкли к шумным и немного диким пиратам Мушкетонам, но покой приморского городка нарушают новые гости. Напротив фрегата, пришвартованного на улице, неожиданно возникает домик семьи Катана — потомственных ниндзя, с которыми капитан Гектор давно враждует. Пока корсар пытается сделать жизнь соседей невыносимой, его сын Билли влюбляется в дочку противницы. Подросткам приходится скрывать чувства от родителей, ведь пираты и ниндзя несовместимы. Или это не так?